香港、澳门青年学者合作研究基金申请者条件：1. 在香港或澳门从事科学研究，可保证每年在内地工作两个月以上；2.申请当年1月1日未满45周岁；3.具有所在地副教授级以上或成绩突出的相当于助理教授级的专业技术职务，在香港或澳门独立主持一个实验室或一个重要的研究项目；4.在自然科学基础研究中，已取得国际同行承认的创新性学术成就，或在应用基础研究方面已取得突出的创造性科技成果；拟开展的研究工作属国际前沿且为国内所急需，与合作者有一定的合作基础；5.在内地的合作研究单位（简称“合作单位”）已经落实并与其签订了合作研究协议书（简称《协议书》）。6.合作单位系指内地合作申请者所在单位，即本基金申请获资助后的项目依托单位。内地主要合作者一般也应是具有相当水平的青年学者。

    香港、澳门青年学者合作研究基金项目每年集中受理一次，受理时间一般于每年3月31日截止，受理方式以自然科学基金会每年发布的申请通告为准。

    此项目相关的管理文件有《香港、澳门青年学者合作研究基金管理办法》等。