专项类项目有8种：1 数学天元基金项目：数学天元基金有多种资助形式，其中数学天元青年基金资助项目主要支持全国具有数学硕士点和博士点的单位内、年龄在35岁以下的青年研究人员开展研究工作。数学天元青年基金项目受理时间与方式与面上项目等相同，其余项目可以随时受理。 2.优秀国家重点实验室研究项目基金：优秀实验室基金用于资助优秀国家重点实验室围绕其主要研究方向开展的科研工作。经科学技术部委托自然科学基金会组织评估认定的优秀国家重点实验室可申请本项基金。自然科学基金会实验室工作办公室一般于评估当年8月底之前根据评估结果提出可申请本项基金的实验室名单并通知有关实验室提出项目申请。申请金额相当于自然科学基金一个重点项目的资助强度，项目研究期限为4年。 申请书需经实验室学术委员会评议通过并签署意见，纸质《申请书》（一式1份）及电子文件于每年10月底前由依托单位分别报送自然科学基金会实验室工作办公室和信息中心。3 科普项目：科普项目经费重点资助部分受众面大、影响较大且手段和内容新颖丰富的专题科普电视节目、科学题材的电影、高级系列科普专著和科普展览等。 科普项目目前尚不受理自由申请项目，主要由自然科学基金会科学部重点围绕自然科学基金优先资助领域、重大创新研究成果、科学前沿与社会热点问题、优秀科学家及创新群体组织推荐。自然科学基金会计划局每年一般在统一受理期之后通知各科学部组织推荐，由计划局统一受理。 4 科学仪器基础研究专款： 科学仪器基础研究专款资助项目根据学科特点结合我国目前技术基础和优势确定鼓励研究领域。由科学部组织并推荐已有较好面上项目研究基础的研究队伍申请。科学仪器基础研究专款每年集中受理一次，受理时间一般于3月31日截止，由推荐科学部负责受理。5 委主任基金项目： 国家自然科学基金会主任基金（以下简称委主任基金）随时受理两个年度申请期之间的项目申请。它主要用于资助具有重大科学意义、需要及时支持的创新项目或用于其它特殊需要的综合性项目。对于有特殊需要或综合性委托任务的申请，可由计划局协助委领导统一受理，经委务会议审批后，责成有关部门负责管理。资助期限不超过一年的项目不计入限项范围。6 科学部主任基金项目：申请者应符合《国家自然科学基金项目管理规定》（试行）中规定的申请资格。该类项目申请与同行评议的程序与面上项目自由申请的要求相同，在同行专家评议基础上，由科学部主任会议审批。两个年度申请期之间需要紧急启动的创新性项目，资助期限一般为1年。7 重点学术期刊专项基金项目：重点学术期刊专项基金的申请者须是已被美国科学情报研究所的SCI或SCI-E收录的中国自然科学类期刊；或在中国科学技术信息研究所《中国科技期刊引证报告》（CJCR）公布的年度总被引频次排在前50名的中国科技期刊。申请者须提供由中国科技信息研究所，或由中国科学院文献情报中心出具的该刊在SCI和中国科技论文数据系统的有关检索资料原件一份，提交最新一期样刊1份。重点学术期刊专项基金每逢偶数年受理申请，于当年3月31日截止，若有变化将会提前在当年的申请通告中通知。8 青少年科技活动专项：青少年科技活动经费主要资助由各主管科技、教育或青少年工作的部委或全国性机构主办的，有重大影响的全国性、多学科的青年学术活动和青少年科技活动。原则上只作为各项活动的匹配资金，占总活动经费的比例一般不超过50%。青少年科技活动经费由活动主管部门在举办活动上一年度的8月前向自然科学基金委计划局综合处提出申请或建议。

    专项类项目的管理文件有《数学天元基金管理实施办法》、《国家自然科学基金委员会优秀国家重点实验室研究项目基金管理办法》、《国家重点实验室建设与管理暂行办法》、《国家重点实验室评估规则》、《国家自然科学基金委员会科学部主任基金管理办法》等。